提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
博鳌亚洲论坛将于今年3月底举办年会******
记者从博鳌亚洲论坛官网获悉,1月11日,博鳌亚洲论坛在北京召开2023年新闻发布会,论坛秘书长李保东介绍了论坛今年年会情况以及其他重要活动安排。
李保东表示,论坛按惯例将于今年春季,初步考虑在3月底,在海南博鳌举办2023年年会,邀请包括东道国中国在内的各国领导人、政府官员、国际组织负责人、企业代表、专家学者和媒体人士出席会议,共商疫后亚洲与全球发展大计。年会具体日期将在确定后尽早公布。当前新冠疫情仍在持续,但在国际社会共同努力下,世界有望尽快走出疫情阴霾。论坛2023年年会将在做好疫情防护的同时,以线下方式举行。今年年会计划设置“发展与普惠”“治理与安全”“区域与全球”“当下与未来”四个板块议题,旨在更好地推动各方理性探讨自身利益和共同利益、短期利益和长远利益的关系,从而促进国际合作,凝聚发展共识。
(央视新闻客户端 总台记者 张伟克)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |